辨别腐植酸肥料的好坏，可以根据其水溶性、颜色等加以判断。

将腐植酸肥料放到水里，观察溶解的速度快慢、能否全部溶解以及有无沉淀物。通常质量好的腐植酸肥料表现均良好。倒少量腐植酸水溶肥料在清水中，如果颜色非常黑，则可能是染过色的。如果是腐植酸肥料颗粒，可以用手使劲搓，掉色并且颜色难以用水洗掉，也存在染色嫌疑。还可以将颗粒碾碎，看里面和外面的颜色是不是均匀一致的黑褐色，如果仅是外面黑而里面白(或者其他颜色)也有染色之嫌。特别强调，目前市面有一种肥料是白色颗粒，谎称里面添加了白腐植酸，所以是白色，如果遇到了一定不要买，因为根本没有白腐植酸这种物质。

有些腐植酸肥料中添加的是没有进行活化或者活化程度很低的腐植酸原粉，用它做出来的腐植酸肥料效果差、见效慢。以磷矿粉为例，虽然磷矿粉也有磷含量，但效果发挥很慢很差，加工成过磷酸钙才可以发挥出最好效果。腐植酸也一样，必须活化之后才能发挥肥效。如果遇到的腐植酸肥料价格非常低廉，很有可能是添加了原粉的腐植酸肥料，要留心。